Арабские завоевания Египта
Византийское господство в Египте закончилось в 639 году н. э., когда он перешел под власть Халифата, пришедшего из Аравии. Это привело к более чем тысячелетнему нахождению под властью мусульманских правителей. До французского вторжения Наполеона в 1798 году. Большая часть этих династий происходила из Аравии, и закончилась Османской империей.
В ранний исламский период, длившийся до 969 года, во время арабских завоеваний Египта, господствовал в основном существующий халифат, правивший с Ближнего Востока. Период подъема, длившийся до 1253 года, регион обладал большей автономией, особенно в эпоху Фатимидского халифата и Айюбидского государства. В поздний исламский период Египет переживал большой упадок при внешних турецких династиях, таких как мамлюки и позже османы.
Ранний исламский период 639–969 гг.
Амр ибн аль-Ас с армией халифа Умара вторгся в Египет с более чем 9000 человек в 639-640 гг. Сначала они взяли город Гелиополь, затем двинулись дальше, чтобы взять Александрию, которая сдалась в 641г. Византийская империя неоднократно пыталась отвоевать страну, но безуспешно. Амр ибн аль-Ас стал 
наместником и основал свою столицу в городе Фустат, переименованном из римского форта Вавилон, датируемого персидскими временами. Он оставался центром управления на протяжении всего раннего мусульманского периода.
После завоевания Египет был первоначально разделен на две провинции, Верхний и Нижний Египет. В 644 году новый халиф Усман назначил единого правителя над всей землей, а его заместители управляли Севером и Югом. Александрия оставалась особым районом. При заместителях были также министры, возглавлявшие военные и полицейские силы. Первоначально армия состояла исключительно из арабов, но постепенно в нее входили жители из Сирии и Йемена.
В обмен на денежную дань коптские христиане освобождались от военной службы и могли свободно исповедовать свою религию и культуру. Обращение в ислам было редким явлением, и старая система налогообложения сохранялась в течение первого столетия завоевания.
Во время первой мусульманской гражданской войны (фитны 656-661 гг.), провинции Сирии и Египта отделились как независимые образования.
Омейядский Халифат
Во время войны (фитны 680-692 гг.) Ибн Зубайр получил достаточную поддержку в Египте, чтобы назначить своего собственного наместника. Арабы были против него и обратились за помощью к халифу Марвану I. Марван отвоевал регион в 684 году и назначил Абд аль-Азиза губернатором. Абд аль-Азиз руководил завоеванием Северной Африки и пользовался относительной автономией на своем посту.
Абд аль-Малик был первым губернатором, который не был связан с двором Омейядов. Арабский язык стал официальным языком в 706 г., а налог джизья (для не мусульман) был введен в 715 г. Возмущенные копты восставали против налога в 725, 739 и 750 годах. В совокупности эти и еще несколько причин привели к революции Аббасидов.
Аббасидский Халифат
Когда аббасидское правление вступило в силу, они ввели новые налоги и законы в Египте, и это привело к более частым восстаниям. В начале IX века правитель Египта управлял из Багдада, используя наместника. В 831 году нашей эры к мятежу присоединились как мусульмане, так и христиане.
Начиная с 834 года, аббасидские правители должны были сделать прямые юрисдикции, чтобы облегчить военное господство в Египте, одновременно консолидируя власть в Аббасидском суде. Примерно в это же время мусульманское население Египта в Средние века, только начинало превосходить по количеству местное христианское население. В конце IX века династия Аббасидов столкнулась с серьезными внутренними беспорядками, известными как анархия Самарры, что привело к росту шиитских сторонников и алидов (потомки Али ибн Абу Талиба).
В то время как это происходило, Аббасидское государство интересовалось памятниками древнего Египта и проявляло заботу в их изучении и сохранении. Считается, что именно в это время впервые были открыты гробницы Хуфу и Хафры. К сожалению, пройдет еще некоторое время, прежде чем Западная Европа сможет перевести иероглифы.
Мечеть Ибн Тулуна
В 868 году, во время анархии Самарры, халиф Аль-Мутазз Биллах передал власть правителя военному вождю Ахмаду ибн Тулуну. Добившись отставки управляющего финансами Аль-Муддабира, Ибн Тулун работает над утверждением Египта средневековья как собственного политического образования, соперничая с халифатом как империей богатства и власти. В столице Аль-Катаи, была построена (868-884) большая мечеть, известная как мечеть Ибн Тулуна.
К 876 году Ибн Тулун вступил в конфликт с регентом Аль-Муваффаком, когда тот вторгся на север Сирии. В 882 году Ибн Тулун приказал сторонникам в Дамаске осудить Аль-Муваффака как незаконнорожденного и объявил против него джихад. Ибн Тулун умирает в 884 г., оставив кампанию своему сыну Хумаравейху. После победы Хумаравейха наступила эра мира, в которой дочь нового Тулунида вышла замуж за халифа Аль-Мутадида.
После смерти Хумаравейха последующие правители династии Тулунидов оказались жестокими и тираничными, часто убивая членов своей семьи ради власти. Это оказалось неэффективным против нападений шиитов-карматов на юге, а также восстаний в Александрии и Сирии. В 905 году аббасидский генерал Мухаммад ибн Сулейман по прозвищу аль-Катиб «секретарь» вошел в Фустат и отвоевал Египет под арабским владычеством, полностью уничтожив Аль-Катаи, за исключением мечети Ибн Тулуна.
С 935 года турецкий наемник Мухаммед ибн Туджи был назначен наместником Египта и правил им в основном автономно от Аббасидов на протяжении всей своей жизни. В 969 году Египет был захвачен Фатимидами из Туниса, шиитской династией, претендующей на происхождение от Али через его жену Фатиму.
Фатимидский Халифат
Выходец из Африки, фатимидский генерал Джаухар ас-Сакали возглавил завоевание Египта и основал новую столицу, ныне современный город Каир, включая королевский дворец и мечеть. В 971 году он послал сообщение, чтобы пригласить халифа Аль-Муиза поселиться во дворце, принеся с собой новую ветвь шиизма — Исмаилизм, которая существовала со времен Али. Однако одновременно с этим завоеванием карматы вторглись в Египет из Сирии, осадив правителя в его собственном городе. После того как войска были вынуждены отступить, как в результате военных кампаний, так и подкупа, Аль-Муизз был признан халифом в Сирии, Мекке и Алжире.
Во время правления халифов аль-Азиза и Аль-Хакима в Египте существовала большая терпимость к различным мусульманским сектам, включая некоторые секты более еретического происхождения, такие как Друзы и Низариты. Однако в то же время существовали более строгие и систематические преследования коптского христианства, которое считалось союзным Византии. В 1009 году аль-Хаким разрушил храм Гроба Господня, а в 1020 году — Каирскую библиотеку. Наконец, Аль-Хаким счел себя и своего советника Дарази божественными и таинственно исчез в 1021 г.
Во время этого апогея мусульманского благочестия, гораздо меньше заботились о благополучии египетских памятников. По приказу фатимидского халифа нос Сфинкса был отломан, и пирамиды несколько раз пытались разобрать.
Турки-сельджуки вторглись на Ближний Восток и захватили Багдад в 1059 году, а затем вторглись в Египет в 1068-1074 гг. Дамаск в это время был окончательно потерян. Отчаявшись изгнать турок, халиф аль-Мустали предложил французам вторгнуться в Сирию. После того как Первый крестовый поход (1096-1099) успешно взял Иерусалим, Аль-Мустали попытался отомстить, послав своего визиря Аль-Афдаля. Аль-Афдаль потерпел поражение в битве при Аскалоне, а затем во многих последующих сражениях с крестоносцами, пока, в конце концов, не был казнен халифом. Египет средневековья будет захвачен крестоносцами, пока Салах ад-Дин Айюб (Саладин) не займет место султана Египта.
Султанат Айюбидов
Саладин восстановил суннитский ислам в Египте, заменив почитаемое имя фатимидского халифа именем Аббасида. Дамаск был столицей его империи, назначавшей правителя над Египтом. После того, как власть была укреплена в 1183 году, правление Саладина было полностью заполнено борьбой с христианскими захватчиками во время Третьего крестового похода (1187-1192).
Во время правления аль-Адила Султанат неустанно работал, чтобы защитить Левант от вторжения крестоносцев во время пятого крестового похода (1218-1221). Во время осады Дамьетты Аль-Адил заболел и умер. Следующий султан Аль-Камил едва не потерял Каир из-за кардинала Пелагия, если бы не непредвиденная удача. Однако он потерял порт Дамиетта до 1221 года и навсегда отказался от торговых прав с Александрией. Аль-Камил был, в конечном счете, вынужден оставить Иерусалим и несколько других городов при шестом крестовом походе (1228-1230).
Мамлюкский Султанат
Существовали две различные семьи мамлюков, которые последовательно правили Египтом. Династия Бахри правила до 1382 года. Кутуз разбил нашествие монголов при хане Хулагу в 1260 году. Бейбарс, сменивший его и правивший до 1277 года, был известным военачальником. В 1291 году Аль-Ашраф захватил Акру, последний оплот крестоносцев.
Именно при этой первой династии Каир превратился в крупный город, особенно после того, как он стал резиденцией Аббасидов после разрушения Багдада в 1253 году. Начиная с 1347 года, в мамлюкском Султанате начался массовый упадок, главным образом вызванный Чумой, которая поразила Египет сильнее, чем любое другое государство в Европе. В связи с популяризацией египетских реликвий в Европе в это время также было положено начало великому разграблению гробниц фараонов и открытию Долины Царей.
Новая династия Бурджи находилась в постоянном упадке, поскольку бубонная чума часто возвращалась на протяжении десятилетий. Тамерлан вторгся в 1398 году, сведя и без того нестабильное правление мамлюков к фактической анархии.
